一款名為 Daedalus 的新型分子視覺化工具正在結構生物學家中引起關注，被視為 PyMOL 和 ChimeraX 等成熟軟體的潛在替代品。該軟體承諾在檢視蛋白質和小分子方面提供更快的效能和更簡便的可用性，但早期使用者遇到了幾個障礙，這突顯了打入專業科學軟體市場的挑戰。
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| Daedalus 的 GitHub 倉庫介面，顯示了這個新分子視覺化工具開發過程中的最新活動和更新 |
安裝和平臺相容性問題
使用者報告在 Mac 系統上出現編譯問題，特別是缺少依賴項以及在 ARM 處理器上的 SIMD（單指令多資料）相容性問題。開發者已經承認了這些問題，並推送了更新來解決依賴衝突，儘管在不同硬體配置上的測試仍然有限。Windows 和 Linux 使用者可以下載預構建的二進位制檔案，但 Mac 使用者必須使用 Rust 程式語言從原始碼編譯。
安裝要求
- Windows/Linux：下載並執行預構建的二進位制檔案
- Mac：使用 Rust 工具鏈從原始碼編譯
- Linux：包含可選的桌面 GUI 設定指令碼
核心功能問題浮現
早期測試者發現了可能阻止在專業工作流程中採用的關鍵可用性問題。一些使用者無法開啟本地 PDB 檔案，儘管軟體能夠成功從線上資料庫獲取檔案。據報告，自由相機模式的滑鼠控制對某些使用者無效，這嚴重限制了軟體的主要檢視功能。這些基本功能問題表明該軟體可能在不同系統配置下進行徹底測試之前就已釋出。
缺失功能限制專業使用
該軟體目前缺乏研究人員認為日常工作必需的幾個功能。用於顯示蛋白質二級結構的卡通檢視不可用，唯一的表面視覺化選項使用緩慢的基於點的渲染系統。圖形介面在處理多鏈蛋白質時存在困難，而這在結構生物學研究中很常見。
「PyMol 受歡迎的部分原因是用 Python 編寫外掛很容易，說實話這更接近很多研究人員習慣的方式。」
當前限制
- 卡通檢視（螺旋和摺疊片）不可用
- 僅支援基於點的 van der Waals 表面渲染（速度較慢）
- 多鏈蛋白質的 GUI 問題
- 對接功能無法執行
- 不支援外掛或指令碼
需要擴充套件和指令碼功能
缺乏外掛支援和指令碼功能是採用的重大障礙。像 PyMOL 這樣的成熟工具之所以成功，部分原因是研究人員可以用自定義 Python 指令碼擴充套件它們進行專門分析。使用者表達了用 Rust 重寫現有 PyMOL 指令碼的興趣，但該軟體目前沒有提供指令碼介面或命令列功能。
開發者響應能力顯示前景
儘管面臨這些挑戰，開發者已經展現出對使用者反饋和錯誤報告的快速響應。已推送更新來解決依賴問題和相容性問題，以應對特定的使用者投訴。開發者還承認需要標準配色方案、外掛架構和指令碼功能，表明這些功能可能會在未來版本中出現。
該軟體代表了現代化分子視覺化工具的雄心勃勃的嘗試，但其當前狀態揭示了建立能夠與研究和工業中使用的成熟解決方案競爭的專業科學軟體的複雜性。